Coronavirus - Mutations

Avant mai 2020 [01].

Je ne suis pas biologiste, ni virologue, ni épidémiologiste, ni … ni… mais simple dentiste retraité d’un organisme privé ayant à remplir une mission de service public. Ce bagage suffit à déchiffrer un certain nombre d’informations publiées dans la presse, nationale ou internationale ; puis par rebond, à en faire profiter les autres.

Le coronavirus -comme tous les virus- mute, ce n’est pas un scoop.

Le coronavirus est en réalité une membrane huileuse remplie d’instructions codées destinées à lui permettre de se répliquer à des millions d’exemplaires. Ces instructions sont stockées dans son ARN sous forme de « lettres » : a, c, g, u. Elles sont au nombre de trente mille (30 000). Une fois décodées par la cellule envahie, celle-ci fabrique toutes sortes de protéines virales : N, M et E, épineuses, ORF1b, ORF1a.

En décembre 2019, un nouveau type de coronavirus est apparu près d’un marché aux poissons de Wuhan, Chine ; c’est le Wuhan-Hu1.

En janvier 2020, les chercheurs isolent pour la première fois la séquence génomique d’un ouvrier malade ayant travaillé sur ce marché. Il forme le génome de base du SARS-Cov-2 et permet de tracer aujourd’hui la diffusion de ce qui est devenu le Covid-19.

Le 8 janvier 2020, une première mutation est détectée. Au 186ième rang, la lettre c est devenu un u ; c’est le WH-09. En principe, un virus contient le matériel génétique permettant sa reproduction à l’identique, à des millions d’exemplaires : une ingénierie impressionnante.

Mais pas parfaite, car au fil du temps des erreurs de lecture du code surviennent. Elles augmentent au hasard avec le temps qui passe, mais généralement à un rythme relativement régulier et lent. Sur la base de cette connaissance et parce que les chercheurs n’ont détecté que relativement peu de mutations dans le foyer (cluster) de Wuhan, ils en ont déduit que la souche actuelle devait provenir d’un ancêtre apparu en novembre 2019.

La mutation de la 186ème lettre n’a été retrouvée qu’une seule fois en dehors de Wuhan ; sept semaines plus tard, le 27 février 2020 : c’est le génome GMZU0030. A six cents miles de là : à Guangzhou, Chine. Il faut dire que la Chine possède maintenant un très beau réseau de trains circulant à grande vitesse et que la diffusion de germes et autres maladies via ce moyen de transport, au demeurant fort bien entretenu, n’a plus rien d’impossible. Le virus détecté là est soit un descendant direct de celui de Wuhan, soit un cousin. Il porte aussi deux nouvelles mutations ; l’une d’elle a même modifié un acide aminé.

Parmi toutes sortes de mutation, il est coutume de distinguer les mutations silencieuses et les non-silencieuses. Les premières désignent des inversions dans l’alphabet génétique du virus ne modifiant pas la protéine crée sur la base de ce code modifié dans la cellule parasitée.

Les secondes laissent au contraire une empreinte plus visible puisque la modification des instructions aboutit aussi à la production d’un autre type de protéine. Le GMZU0030 exhibe deux mutation du second type.

Mais les protéines sont pour la majorité d’entre elles constituées de centaines de milliers d’acides aminés. Le fait d’en modifier deux passe bien souvent inaperçu et n’a, la plus grande part du temps, aucune influence sur la forme et sur la fonction de la protéine.

Au fur et à mesure des mois qui se sont écoulés, certaines mutations se sont transmises, d’autres ont disparu.

Une piste d'espoir ?

Cette information apparemment anodine représente en réalité la clé des futurs traitements. Car les zones du génome qui ont pu muter et survivre sont les plus résistantes au changement ; elles garantissent la survie du virus et donc notre mort.

Inversement, les parties du virus sur lesquelles les mutations non-silencieuses ont engendré la fabrication de nouvelles protéines dont l’action s’est en quelque sorte retournée contre la structure virale et en ont causé la perte sont exactement celles contenant les informations dont les virologues, biologistes et chercheurs peuvent se servir pour développer les prochains traitements antiviraux. Ces zones sont aux virus ce que le talon était à Achille : son point faible!

Le problème de la vitesse des mutations

Entre fin décembre 2019 et avril 2020, près de 4 400 acides aminés ont déjà été modifiés. D’après les spécialistes, c’est un nombre modeste qui laisse espérer que si un vaccin est trouvé, il restera actif plusieurs années de suite.

Depuis mai 2020

Depuis cette époque, des vaccins (en réalité des thérapies géniques) ont été mis au point et la campagne de vaccination commence cahin-caha à des rythmes divers selon les pays et, à l’intérieur de ceux-ci, selon les régions.

En septembre 2020, des sonnettes d’alarme ont été tirées par les scientifiques parce qu’un mutant était apparu au Royaume-Uni. Il porte aujourd’hui le petit nom de B.1.1.7 ou encore de variante anglaise.

Dans un article paru en décembre 2020, alors que les promesses de vaccination prenaient enfin corps, faisant naître tous les espoirs de renouveau, les spécialistes évoquaient une terrifiante hypothèse. Cette variante aurait muté in situ, c’est-à-dire à l’intérieur du corps humain sur les personnes ayant été infectées par la forme initiale du virus et n’en étant pas mortes.

Avec cet éclairage, le taux de mortalité de 1%(un personne sur cent ayant été infectée par ce virus en meurt) n’est plus qu’une demi-bonne nouvelle.

En effet, comme d’habitude, les quatre-vingt-dix-neuf autres pour cent que la maladie n’a pas emporté deviennent des porteurs sains. Ce qui en soi ne serait pas grave s’il s’agissait d’une simple grippe saisonnière, acquiert un caractère inquiétant dès le moment où il faut imaginer que chaque porteur sain se transforme malgré lui en usine biologique ambulante capable de donner naissance à des mutants parfois encore plus dangereux que la version de départ !

Un article récent concernant la ville de Manaus au Brésil vient donner corps à ce scénario catastrophe [02]. Fin décembre 2020 pratiquement trois quart des habitants avaient été infectés une première fois par le virus. Une proportion qui, normalement, commence à mettre l’ensemble de la population à l’abri de méfaits excessifs parce qu’elle a développé une immunité collective. Hélas, contre toute attente, le nombre d’hospitalisation est reparti à la hausse. Le tableau clinique de la ville est déormais catastrophique puisque même l'oxygène nécessaire à maintenir les malades en vie manque [03].

Une analyse publiée le 12 janvier 2021 dans la revue virological.org révèle que treize échantillons sur trente et un contiennent le mutant brésilien P1. Bien que le constat nécessite un supplément d’analyse, il suggère déjà l’hypothèse selon laquelle -vu le taux de remplissage des hôpitaux de Manaus- ce mutant contourne et supplante les défenses immunitaires formées chez les personnes infectées lors de la première vague.

La confirmation de cette hypothèse de travail serait une très mauvaise nouvelle puisqu’elle ferait naître le spectre d’une augmentation du nombre de réinfections et de la nécessité constante d’adapter les thérapies géniques mises en œuvre depuis le début de l’année 2021.

Dans ce contexte, des chercheurs réunis en début d’année dans le cadre de l’organisation mondiale de la santé ont demandé que les laboratoires réalisent le plus souvent possible le séquençage génétique des virus prélevés chez les malades de manière à pouvoir suivre les mutations en direct. Ils préconisent également la création d’une sorte de banque des différents exemplaires de virus répertoriés jusqu’à présent.

Fort heureusement, et à ce jour :

  • Il n’y a que peu de cas connus de réinfection au coronavirus ayant mené à la mort (trois cas dans le monde dont un dans le Bade-Wurtemberg, Allemagne) ;
  • le lien direct entre la hausse des hospitalisations constatée à Manaus et l’apparition du virus n’a pas pu être confirmée ;
  • il ne semble pas que ces mutants aient pu contourner les nouvelles défenses conférés aux organismes humains vaccinés.

 

Il semble donc pour l’heure raisonnable de poursuivre la stratégie déclinée : vaccinations, distanciation sociale maximale dans une recherche d’harmonie avec le maintien de la vie professionnelle, mesures quotidiennes d’hygiène (port du masque, lavages des mains), etc.

A suivre donc …

© Thierry PERIAT.

Bibliographie :

[01] New York Times, 30 April 2020.

[02] New mutations raise specter of ‘immune escape’; © Science 371 (6527) 329-330.

[03] Reportage sur place réalisé par ARD, première chaîne télévisée publique allemande ; janvier 2021.

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Date de dernière mise à jour : 01/04/2021